Osnovna djelatnost Instituta je realizacija temeljnih naučnoistraživačkih i drugih projekata u oblasti bošnjačkih studija, djelujući u svim relevantnim naučnim disciplinama, prvenstveno u humanističkim i društvenim naukama, odnosno u sljedećim oblastima: enciklopedistika i leksikografija, istraživanje, normiranje i afirmiranje bosanskog jezika, istraživanje i afirmiranje bošnjačke književnosti, istraživanje i afirmiranje historije Bošnjaka, etnološko-antropološka istraživanja i afirmiranje narodne kulture i folklora Bošnjaka, istraživanje i afirmiranje umjetničkih praksi Bošnjaka (likovna umjetnost i arhitektura, muzika, pozorište, film i scenske umjetnosti…), kao i sociološko-filozofska, politološka, demografska, pravna, ekonomska, strateška i druga istraživanja vezana za Bošnjake i Bosnu i Hercegovinu. U okviru toga vrše se sljedeće naučnoistraživačke i stručne aktivnosti:
- Organizira i sprovodi fundamentalna istraživanja u oblasti bošnjačkih studija,
- Organizira i sprovodi izdavačku djelatnost Instituta izdavanjem knjiga i periodičnih publikacija, internet publikacija i drugih izdanja samostalno ili u suizdavaštvu sa drugim institucijama,
- Ugovara naučna i stručna istraživanja,
- Pruža promoć naučnim i stručnim saradnicima u istraživanjima,
- Organizira naučne skupove, savjetovanja, predavanja, diskusije, okrugle stolove i sl. Događaje o naučnim i stručnim pitanjima iz djelokruga Instituta,
- Razvija saradnju sa sličnim naučnim i stručnim institutcijama u zemlji i inostranstvu.
- Vrši promociju i prodaju sopstvenih izdanja ili suizdavaštava,
- Obavlja i druge poslove utvrđene općim aktima Instituta u skladu sa zakonom.
Odjeljenja
U svrhu izvršavanja, obavljanja i koordiniranja naučno-istraživačkih djelatnosti Institut trenutno djeluje kroz osam odjeljenja:
Odjeljenje za bosanski jezik i književnost,
Odjeljenje za historiju,
Odjeljenje za folkloristiku, etnologiju i antropologiju,
Odjeljenje za filozofiju i sociologiju,
Odjeljenje za političke nauke i međunarodne odnose,
Odjeljenje za studije genocida,
Odjeljenje za umjetnost, i
Odjeljenje za informacione nauke i enciklopedistiku.